본 연구에서는 우리나라 외환위기 회복 이후기간인 1999년부터 2005년 7개년의 시계열을 갖는 377개 상장기업의 균형패널자료를 이용하여 기업지배구조가 자본구조 와 기업가치에 미치는 영향을 실증적으로 검증하였다. 자본구조방정식을 분석한 실증결과는 첫째, 경영진지분율이 높을수록 위험에 대한 부담이 증가하기 때문에 레버리지비율을 감소시켜 재무위험을 축소시키고자 하는 유 인이 높아지는 것을 알 수 있었다. 둘째, 사외이사비율과 외국인지분율이 높을수록 경 영진에 대한 견제와 감시기능이 강화되어 재무위험이 축소되도록 레버리지비율을 줄 이고자하는 유인이 높아진다는 것을 확인할 수 있었다. 기업가치방정식을 분석한 실증결과는 첫째, 부채비율이 높을수록 부채 사용에 따른 세금절감효과와 재무레버리지효과 등이 기업가치에 긍정적으로 영향을 미치는 것을 확인할 수 있었다. 둘째, 외국인지분율과 국내기관투자가의 지분율이 높아질수록 경영 진의 경영활동을 효율적으로 감시함으로써 경영진의 대리인문제를 감소시켜 기업가치 가 증가된다는 것을 알 수 있었다. 재벌기업과 비재벌기업의 실증결과를 살펴보면 첫째, 자본구조 방정식에서는 재벌 기업은 외국인지분율, 기업규모, 성장성, 유동성이 자본구조에 부(-)의 영향을 미치는 것으로 나타났으며, 비재벌기업은 경영진지분율, 사외이사비율, 외국인지분율, 기업규 모, 수익성, 유동성이 부(-)의 영향을 미치는 것으로 나타났다. 둘째, 기업가치 방정 식에서는 재벌기업은 외국인지분율과 국내기관투자가지분율, 기업규모가 기업가치에 정(+)의 영향을 미치는 것으로 나타났으며, 비재벌기업은 레버리지비율과 경영진지분 율, 외국인지분율, 국내기관투자가지분율, 기업규모, 성장성이 기업가치에 정(+)의 영 향을 미치는 것으로 나타났다.